Les contrats passés avec les deux groupements de génie civil ont imposé des contraintes environnementales, et notamment le recours à des spécialistes chargés du suivi des problématiques environnementales du chantier.
- Le bruit
Les bruits générés par le chantier ont été limités, dans le respect des réglementations de la France et de la Suisse. Un système acoustique a surveillé les niveaux sonores à différents moments. Des mesures ont été prises pour limiter le bruit, comme la construction d’un bâtiment provisoire, avec l'installation de parois anti-bruit au-dessus de chaque puits pour réduire le plus possible les nuisances sonores générées par les travaux d’excavation, ou encore l’installation de silencieux sur les systèmes de ventilation pour les travaux souterrains.
- L'air
La libération de poussière dans l’air durant les travaux a été encadrée par les réglementations des États hôtes. Des mesures ont été mises en place, comme un système de lavage des roues des camions sortant des sites, une limitation de la vitesse des véhicules et un système d’arrosage par temps sec.
- L’eau
Un plan de gestion des eaux de chantier a été mis en place pour éviter toute pollution. Les eaux pluviales ont été isolées le plus possible des zones d’excavation. Une station de traitement de l’eau a été installée sur chaque site pour traiter toutes les eaux en provenance du chantier avant rejet. Un suivi de la qualité de l’eau a été mis en place.