Le CERN se conforme à un système de radioprotection internationalement reconnu qui s’attache en permanence à limiter autant que possible l'exposition aux radiations.

De ce fait, les émissions du CERN restent systématiquement bien en deçà des limites réglementaires. L’équipe chargée de la radioprotection au CERN surveille les rayonnements ionisants produits à l’intérieur des installations et à proximité. Des détecteurs déclenchant une alarme sont installés et gérés par l’équipe de radioprotection du CERN afin d’empêcher la sortie ou l’entrée non contrôlée de matériel radioactif. Les équipes du CERN chargées de la sécurité et de l’environnement prélèvent des échantillons de l’air ambiant, du sol, des cours d'eau, de la nappe phréatique, de l’eau de pluie, de la végétation et des produits agricoles de la zone environnante et effectuent des milliers d'analyses chaque année.

Le CERN impose des limites concernant l’exposition du personnel et des visiteurs conformément à la réglementation de l’Union européenne en la matière. Tous les membres du personnel du CERN qui travaillent dans des zones sensibles sont suivis par le service de dosimétrie du groupe Radioprotection du CERN, qui est agréé par la Suisse. Le service distribue des dosimètres qui mesurent l’exposition aux rayonnements ionisants de chaque travailleur. Le CERN applique rigoureusement le principe ALARA, supposant l’emploi des méthodes de travail les plus récentes, et une planification des doses pour les travaux effectués dans les zones sous contrôle et surveillance radiologiques, afin de limiter autant que possible les doses reçues pour les personnes concernées.

Le fait que les expériences LHC soient souterraines constitue une protection naturelle contre les rayonnements. L’équipe de radioprotection du CERN procède à des simulations informatiques des champs de rayonnement pour les installations existantes ou futures, par exemple le LHC, afin d’anticiper les problèmes éventuels. En procédant ainsi, le CERN peut prévoir et limiter le plus possible l’impact d’une installation sur l’environnement avant même sa construction.

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