Les expériences du CERN consistent à provoquer des collisions entre faisceaux de particules, ou entre des faisceaux et une cible fixe. Lors des collisions, certaines des particules émettent un rayonnement, ou de nouvelles particules sont créées. Au CERN, le rayonnement ne survient que lorsque le faisceau de particules circule, et il suffit de l’arrêter pour stopper immédiatement les émissions. D’autre part, les collisions sont très rares : au Grand collisionneur de hadrons, 1 nanogramme (millionième de milligramme) seulement de matière est accéléré par jour, et seule une petite proportion des protons accélérés entrent en collision. Il faudrait en réalité des millions d’années pour arriver à faire entrer en collision un gramme de protons. Du fait des rayonnements, il arrive que certains éléments situés à proximité des points de collision deviennent radioactifs. Ces éléments sont bien confinés, et leur manipulation rigoureusement contrôlée ; et lorsqu’un accélérateur est démantelé, ils sont traités conformément à la réglementation et aux normes en vigueur.

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